Zoo blev i 2002 miljøcertificeret efter den internationale ISO 14.001-standard i, og som den første Zoo nogensinde blev Haven senere samme år også certificeret efter den mere vidtgående europæiske EMAS II-forordning.

At være miljøcertificeret stiller en række krav til Havens miljøarbejde. Zoo indførte miljøledelse i 2000. Det betyder, at Zoo arbejder målrettet med at forbedre miljøforhold – både i selve Haven og gennem formidling om globale miljøforhold.

Zoo har indført en miljøpolitik med retningslinier for miljøarbejdet, og der er vedtaget konkrete mål for miljøforbedringer inden for de områder, hvor Zoo påvirker miljøet. Der er bl.a. fastsat mål vedr. nedbringelse af forbruget af vand og energi. Der udarbejdes hvert år nye handlingsplaner for det kommende års miljøtiltag.

Zoos miljøorganisation sikrer, at det daglige arbejde udføres i overensstemmelse med Havens miljøpolitik. To gange om året gennemføres auditering af miljøsystemet, hvor et eksternt certificeringsbureau følger op på, om Zoo lever op til sine mål og målsætninger på miljøområdet.

Hvert år udgiver Zoo en miljøredegørelse (Pdf 1 MB) samt en folder med Havens grønne regnskab. Folderen kan rekvireres ved henvendelse til Zoos miljøkoordinator Rikke Bydam på rb@zoo.dk